Lovely complex Risa Koizumi et Atsushi Ootani sont élèves dans la même classe. Tous les deux font un gros complexe sur leur taille. En effet, Koizumi qui est une fille mesure 1,72m alors qu'Ootani qui est un garçon ne mesure qu'1,56m. A cause de cette différence de taille mais aussi de leurs forts caractères, ils ne cessent de se chamailler et deviennent très vite le duo comique du lycée. De leurs disputes incessantes va naître une grande complicité entre ces deux personnages, ils vont vite devenir inséparables. C'est ainsi qu'ils décident de s'entraider afin de trouver l'amour, mais le premier essai étant un échec total, cette entraide va se transformer en pari : qui sera le premier à trouver son âme soeur? Il semblerait qu'il n'y ait pas à chercher très loin...